该宫为总统府：由黎元洪控制。相当于依靠国会，也就是南方的本土势力，主要是美国支持的。

研究院是国务院：由段祺瑞控制。段氏自视为北洋正统派领袖，依仗日本势力，掌握军政大权。

争议一：国务院秘书长的产生

国务院秘书长黎元洪想用他的人，段祺瑞肯定不愿意。两人争论起来，最终徐世昌出面解决了此事。

争议二：第一次世界大战中对德国宣战问题

当初黎元洪在美国的支持下，主张与德国断交，加入反德一方，而段祺瑞则认为德国必胜，不同意对德宣战。段祺瑞随后极力主张加入同盟国，并在日本的支持下对德国宣战，因为这样，一旦德国战败，德国在山东的利益就会被日本获得，这对日本极为有利（这在又引发了后来的五四运动)。此时，黎元洪为了反对段祺瑞，成为了不同意对德宣战的一方。

于是，段祺瑞召集部下十余人进京，组成“总督兵团”，迫使黎元洪对德宣战，但未能成功。随后，他请名人写了一份对德宣战书，并请李主席盖章。黎元洪无奈地在文件上盖章，以平息风波。虽然被盖了章，但段祺瑞还是不满意。在他再三催促下，他才勉强答应了。当国会议员开会讨论时，首相疯狂干涉。终于，所有成员都忍无可忍了。

1917年5月21日，黎元洪因段祺瑞秘密向日本借钱的行为被揭发，下令撤销段祺瑞总理职务。段祺瑞一气之下离开北京，前往天津。他认为，根据协议，总统无权罢免总理职务，因为实行责任内阁制，不承认李的免职令。

1917年6月14日，黎元洪请团长张勋来京调停。没想到张勋封建思想很深，并没有剪掉军辫。随后他前来支持宣统复辟。段祺瑞见此情形大喜，立即奔赴天津马场（北洋六镇曾练兵之地），做好叛乱准备。 7月3日，以起义军总司令名义，发出讨伐张巡的电报，在马场宣誓，并联系直接联系人冯国璋，列出了张巡的八人名单。并发布讨伐张巡的讯息。 7月12日，攻入北京，驱逐张勋，恢复民主共和国。

此后，冯国璋代理国家主席，段祺瑞出任总理。

此时，直隶与安徽正处于正面交锋之中。冯国璋与段祺瑞在如何解决南北分裂、统一中国的问题上又发生了政府之争。

冯国璋主张和平解决南北问题，试图通过和平谈判统一南方各省。